巨噬細胞存在于不同的組織中，從而產(chǎn)生執行組織特異性和生態(tài)位特異性功能的不同細胞群。例如，已發(fā)現在中樞神經(jīng)系統中發(fā)育的巨噬細胞（稱(chēng)為小膠質(zhì)細胞）具有多種作用，包括清除碎片、重塑突觸連接和免疫監視。在脂肪組織中，脂肪相關(guān)巨噬細胞參與調節胰島素敏感性的信號傳導。肺泡巨噬細胞攻擊吸入的外來(lái)物質(zhì)，并通過(guò)吞噬作用清除多余的肺表面活性劑。庫普弗細胞或肝臟中的星狀巨噬細胞負責清除血液中的微生物、紅細胞和其他細胞碎片。骨髓巨噬細胞通過(guò)吞噬發(fā)育中的紅細胞的擠出細胞核來(lái)促進(jìn)紅細胞的造血。脾臟中的巨噬細胞，包括邊緣區、嗜金屬、紅髓和白髓巨噬細胞，參與免疫監視、鐵代謝和細胞清除等活動(dòng)。

在適當的刺激下，巨噬細胞被激發(fā)并激活為一種炎癥狀態(tài)，可大致分為兩類(lèi)，M1（經(jīng)典激活）或 M2（替代激活）。極化的這種性質(zhì)代表活化譜的兩端，僅指在特定時(shí)間和位置的激活預估狀態(tài)。已描述 M1 巨噬細胞具有與對細菌和細胞內病原體的免疫反應相關(guān)的促炎作用。另一方面，M2 具有更強的抗炎作用，具有血管生成和傷口愈合功能。 M2 還與 2 型 T 輔助細胞 (Th2) 反應有關(guān)，例如蠕蟲(chóng)免疫、哮喘和過(guò)敏。

M1 巨噬細胞激活通過(guò) IFNG、TNF 和 toll 樣受體的信號傳導發(fā)生。與 M1 極化相關(guān)的遺傳標記包括 IL1a、IL1b、IL6、NOS2、TLR2、TLR4、CD80 和 CD86。對于 M2 巨噬細胞，激活是通過(guò)包括 IL4、IL10 和 IL13 在內的細胞因子發(fā)生的。文獻報告的 M2 標記包括 CD115、CD206、PParg、ARG1、CD163、CD301、Dectin-1、PDL2 和 Fizz1。需要注意的是，由于 M1 和 M2 之間表型的連續性，落在中間范圍內的巨噬細胞可以同時(shí)表達一些標記。