Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法-FFPE樣本蛋白提取新方法

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提高了FFPE樣品的覆蓋深度

      首先，作者用質(zhì)譜檢測了多種處理組合的人類(lèi)肝臟樣品，發(fā)現相較于傳統(“XPM")的FFPE樣品處理，HYPERsol (“DUS")的結果是多識別11211種(37%)肽類(lèi)和644種(24%)蛋白質(zhì)組，接近于新鮮冰凍樣品檢測深度(“FPS")。相較于傳統工作流程，DPS和HYPERsol的平均蛋白質(zhì)序列覆蓋率均有顯著(zhù)提高，從20.0%到23.9%（圖2）。

圖2. 相較于傳統的工作流程，HYPERsol提高了FFPE樣本的蛋白覆蓋深度。a 新鮮肝臟樣品被制作成新鮮冰凍樣品或FFPE樣品。b 實(shí)驗條件表。c、d 不同條件下的肽類(lèi)和蛋白質(zhì)組數量鑒定。e 不同條件下蛋白質(zhì)序列覆蓋率的密度圖。星號：與FPS相比；n = 3；* ：p < 0.05，** ：p < 0.01，*** ：p < 0.001。

Covaris AFA聚焦超聲+S-Trap 方法提取FFPE蛋白質(zhì)與新鮮冰凍組織相媲美

      接下來(lái)，作者評估了FFPE樣本中提取的蛋白質(zhì)與冰凍組織中提取的蛋白質(zhì)的差異程度。蛋白質(zhì)組數據集的皮爾遜相關(guān)系數顯示，HYPERsol(FFPE)數據集與FUS(冰凍)數據集非常相似，平均相關(guān)系數達0.936，顯著(zhù)高于傳統方法與FUS相似性(0.852)?；鹕綀D表明，“HYPERsol與FUS處理"的蛋白質(zhì)組的相對豐度差異顯著(zhù)小于“傳統和FUS處理"蛋白質(zhì)組的相對豐度差異，HYPERsol法處理FFPE樣本更能真實(shí)還原原始組織的組成(圖3)?？傮w而言，利用HYPERsol法從FFPE樣本中提取蛋白質(zhì)與從冰凍組織中提取蛋白質(zhì)的水平相媲美！

圖3. HYPERsol產(chǎn)生的蛋白質(zhì)組學(xué)數據與新鮮冰凍組織相似。b、c不同條件下肽類(lèi)和蛋白質(zhì)組的數量鑒定。n = 3；星號：與HYPERsol相比；* ：p < 0.05，** ：p < 0.01，*** ：p < 0.001。d 散點(diǎn)圖描述了每個(gè)實(shí)驗條件的蛋白質(zhì)組數據與FUS數據之間的相關(guān)性，R值：皮爾遜相關(guān)系數。e 相關(guān)矩陣描述了所有成對運行比較中的皮爾遜相關(guān)系數。f、g 火山圖比較了傳統和FUS條件下、HYPERsol和FUS條件下檢測到的蛋白質(zhì)的相對豐度差異。

FFPE存檔樣本蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定成為可能

      以上，作者證實(shí)了HYPERsol法在FFPE樣本的蛋白質(zhì)提取中占據重要優(yōu)勢。此外，作者對以往難以診斷的惡性外周神經(jīng)鞘膜瘤(MPNST)，以及與其難以區分的黑色素瘤和滑膜肉瘤進(jìn)行分析，發(fā)現HYPERsol法特別適合于鑒定新的免疫組織化學(xué)(IHC)標記，以促進(jìn)組織形態(tài)學(xué)非特異的腫瘤診斷。

圖4. HYPERsol使FFPE存檔組織樣本的蛋白質(zhì)組學(xué)鑒定成為可能。a?c 惡性外周神經(jīng)鞘膜瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤的H&E染色。d 3種腫瘤類(lèi)型中識別的蛋白質(zhì)組數箱圖。e 3種腫瘤類(lèi)型之間檢測到的蛋白質(zhì)重疊維恩圖。f 散點(diǎn)圖，描繪標本的儲存期與已確定的蛋白質(zhì)組數之間的關(guān)系。虛線(xiàn)表示具有95%可信區間的最佳擬合線(xiàn)；R值和P值基于皮爾遜與乘積矩相關(guān)性。g、h MPNST和黑色素瘤、黑色素瘤和滑膜肉瘤中差異蛋白表達的火山圖。I-k TYR、TLE1和ICAM5在3種腫瘤中的豐度表達。* : p<0.001，** :  p<0.0001。